Par Fatima Asselah -

 

Introduction

L’objectif de cet article est de résumer les connaissances actuelles sur le COVID-19 tout en sachant que de nouvelles données sont publiées chaque jour, et qu’il persiste de nombreuses incertitudes. Un premier constat est qu’aujourd’hui, malgré une mobilisation des meilleurs laboratoires et biologistes partout dans le monde, aucun remède spécifique n’est disponible. Le traitement est symptomatique. De plus, aucun vaccin n’est envisageable avant de longs mois; d’où la difficulté de circonscrire la pandémie. La prévention, basée sur les mesures « barrière » contre la contamination, est actuellement le seul moyen de freiner l’épidémie, de diminuer le nombre de formes sévères, et de permettre d’adapter les moyens hospitaliers.

 

Que sait-on actuellement de la pandémie de COVID-19 ?

Retraçons brièvement l’historique de cette virose : début décembre 2019, plusieurs cas de pneumonie aigue d’origine inconnue ont été observés dans la ville de Wuhan en Chine ; les patients avaient été en contact avec divers animaux vivants dans le marché de la ville (Chan et al. Lancet. 2020; 395(10223):514-523 ; Guan et al. NEJM 2020, à paraitre). Cette maladie est une zoonose causée par un virus SARS-CoV-2 appartenant à la famille des Coronavirus. Grâce aux connaissances collectées au cours des précédentes épidémies impliquant d’autres types de Coronavirus (MERS, SARS), des équipes chinoises ont rapidement identifié l’agent causal et publié sa séquence (Wu et al. Nature. 2020; 579(7798):265-269 ; Zhou et al. Nature. 2020; 579(7798):270-273). La connaissance de la séquence du génome viral a permis de développer les tests diagnostiques. La maladie (Coronavirus Disease -19 ou COVID19) s’est rapidement propagée en Chine (Li et al. N Engl J Med 2020; 382:1199-1207), puis en Europe (Italie, Espagne, France..), en Iran, en Corée du Sud… puis à travers le monde avec en date du 21 Avril près de 2.397.216 cas confirmés et 162.956 décès ; ce même jour, le continent Africain comptait 15.394 cas confirmés et 716 décès, avec 2.629 cas confirmés et 375 décès en Algérie ; ces chiffres augmentent chaque semaine (WHO Covid-19. Situation report-92). Compte tenu de l’absence de dépistage et de tests diagnostiques à grande échelle, le nombre de malades est probablement sous-estimé. Les décès liés au COVID-19 ne sont probablement pas tous comptabilisés.

 

Que sait-on de l’agent causal ?

Il s’agit d’un virus de la famille des Coronavirus, non connu jusque-là chez l’humain, baptisé Sars-COV-2 (Gorbalenya et al. Nature Microbiology. March 2020. A paraître). C’est un virus à ARN simple brin, enveloppé, de 60 à 140 nm de diamètre, sphérique ou ovoïde; à l’examen au microscope électronique à transmission, sa surface est hérissée de pointes formant une couronne, d’où son nom corona. Un récepteur a aussi été identifié, il s’agit de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE-2), présent sur les cellules épithéliales respiratoires ACE2. Le génome de ce virus a de très grandes similitudes avec des virus très proches identifiés chez des chauves-souris et chez le pangolin (mammifère sauvage consommé en Chine) ; le virus serait passé de la chauve-souris à l’homme via un hôte intermédiaire ; des mutants du coniv-19, d’agressivité différente, auraient été identifiés (Zhang et al. Curr Biol. 2020; 30(7):1346-1351). D’autres virus de la famille des Coronavirus ont causé dans le passé récent des épidémies mortelles : le MERS (Middle East Respiratory Syndrome= syndrome respiratoire du Moyen-Orient), à partir de l’Arabie saoudite, en 2012; le SARS (= syndrome respiratoire aigu sévère), dans la province du Guangdong, en Chine, en 2002.

Le principal récepteur cellulaire humain du virus est l’ACE-2; la liaison de la glycoprotéine de surface virale à l’ACE2 lui permet de pénétrer dans la cellule ; une fois dans la cellule, le virus libère son ARN qui se réplique, donnant de nombreux virions ; ces derniers libérés iront infecter d’autres cellules ; le virus produit de nombreux facteurs qui inhibent la réponse immune de l’hôte. Des anticorps (IgM et IgG) spécifiques du virus sont retrouvés dans le sérum. Le niveau d'anticorps IgM commence à augmenter environ une semaine après le début de l'infection ; les IgG apparaissent généralement dans les 14 jours suivant l'infection et peuvent durer un temps. L’ACE2 est présent dans la plupart des tissus en particulier au niveau du poumon (cellules bronchiques, alvéolaires et cellules endothéliales (Xu et al. The Lancet Respiratory Medicine.8(4):420-422. 2020; Tian et al. Journal of Thoracic Oncology (2020), doi: https://doi.org/10.1016/j.jtho.2020.02.010. à paraître) et des muqueuses digestives, des organes lymphoïdes (thymus, MO, rate, ganglions), du foie (fortement exprimé sur l’épithélium canalaire biliaire), du rein, du SNC, ce qui expliquerait le tropisme systémique du virus.

 

Transmission

Le virus est très contagieux. Il se transmet de personne à personne par contact étroit, par les postillons et les gouttelettes expulsées par l'éternuement ou la toux d'une personne infectée. Le virus pénètre par les muqueuses (yeux, nez, bouche) et peut-être par la peau ; selon les données disponibles, le coronavirus survit dans le milieu extérieur (quelques heures dans l’air ambiant à quelques jours dans les supports inertes); il pourrait conserver un potentiel infectieux jusqu’à plusieurs jours sur une surface inerte. Le Coniv-19 est détruit par la chaleur, l’alcool (70°), le formol (48H), les détergents.

Le R0 représente le nombre moyen de personnes qu’une personne infectée peut contaminer. Le R0 du COVID-19 est estimé entre 2,2 et 5. Il est difficile de reconnaitre le sujet contagieux; en effet, la plupart des sujets infectés n’ont pas de symptômes alors qu’ils sont contagieux. Le sujet symptomatique est contagieux près d’une semaine avant le début même des symptômes, en phase « d’incubation », et des semaines après sa guérison. L’ARN viral a été retrouvé dans la salive, le sang, les secrétions oropharyngées, les larmes et les sécrétions conjonctivales de patients (To et al. Clin Infect Dis. 2020. à paraître; Peng et al. www.medrxiv.org. à paraître; Xia et al. Med Virol. 2020. 35) ; il aurait été retrouvé dans le sang dès les premiers jours de symptômes (Chang et al. Transfus Med Rev. 2020. à paraitre; Chen et al. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):469-73) ; l’ACE2 et des particules virales infectieuses ont été retrouvées dans les cellules épithéliales coliques et dans les selles de patients (Gu et al. DOI: 10.1053/j.gastro.2020.02.054 à paraitre ; Wong et al. Journal of Gastroenterology and hepatology. Doi : 101111/jgh-15047. A paraitre).

Les personnes séjournant en collectivité (maisons de retraite, services de psychiatrie…) et celles qui s’en occupent sont particulièrement à risque ; les soignants (infirmiers et médecins) en contact étroit avec les sujets infectés ou soupçonnés de l’être, doivent disposer de vêtements de protection appropriée, et être informés des mesures de prévention contre l’infection (Wang et al. JAMA 2020 ; 323 (11) :1061-1069). Les structures accueillant les sujets infectés ou soupçonnés de l’être doivent être spacieuses pour permettre le maintien d’une distance sociale d’au moins 2 mètres entre les patients et entre les patients et les soignants. La formation des soignants (infirmiers et médecins), des équipes de réanimation compétentes permettront de sauver des vies.

 

L’histoire naturelle

L’histoire naturelle du COVID19 varie selon les individus (Lai et al. International Journal of Antimicrobial Agents, https://doi.org/10. 1016/j.ijantimicag.2020.105924 ; en presse) ; Paule et al. JAMA. 2020;323(8):707-708); l’incubation serait de 5 à 14 jours; près de 80% des sujets infectés sont peu ou non symptomatiques. Les symptômes les plus fréquents sont un syndrome « pseudo grippal » avec fièvre, toux sèche, dyspnée, myalgies. La biologie objective une élévation de la CRP et de la vitesse de sédimentation, un taux de leucocytes souvent normal, une lymphopénie et/ou une éosinopénie. Les observations plus récentes rapportent des troubles digestifs (diarrhée, vomissements, nausées), en particulier à un stade tardif et parfois sans signes pulmonaires (Tian et al. Modern Pathology 2020 ; à paraitre), une dysfonction rénale, des troubles neurologiques (perte soudaine du gout et de l’odorat, céphalées, troubles de la conscience, voire des crises d’épilepsie) (Giacomelli et al, Clin Infect Dis. 2020 Mar 26 à paraitre). 20% de cas graves exigent des soins intensifs et environ 5% d’entre eux présentent détresse respiratoire brutale, choc septique, coagulation intravasculaire disséminée, rhabdomyolyse, arythmies ou insuffisance rénale aiguë. Les sujets présentant des comorbidités (obésité, maladies cardiovasculaires ou pulmonaires, diabète, cancer évolutif, maladies hépatiques et rénales…) et les sujets âgés sont particulièrement vulnérables. Cependant les plus jeunes et ceux sans comorbidité apparente peuvent présenter des formes graves de la maladie. Le taux de mortalité varie de 0,3% à 10% selon les rapports. Elle est estimée à environ 14 % chez les patients âgés de plus de 80 ans contre 0,2 % chez les patients de moins de 40 ans.

 

Le diagnostic

Il repose sur l’anamnèse (notion de contage 14 j avant le début des symptômes), le tableau clinique, la recherche du virus sur un prélèvement (PCR, écouvillon naso-pharyngé) et l’imagerie thoracique.

L’imagerie (scanner thoracique ou tomodensitométrie)

L’imagerie (scanner thoracique ou tomodensitométrie) : à un stade précoce de la pneumonie aigue, les images « en verre dépoli », le plus souvent multicentriques, périphériques, distales, avec ou sans images de consolidation font suspecter le COVID-19 ; une augmentation de la vascularisation, un épaississement bronchique sont rapportés (Chung et al. Radiology. 295(1):202-207 ; Kong et al. (published online), doi: 10.1148/ryct.2020200028 ; Zhao et al. Am J Roentgenol. AJR 2020; 214:1072–1077. Bernheim A, et al. Radiology. 2020 Feb 20:200463. doi: 10.1148/radiol.2020200463. [preprint]. Des recommandations sont données par les Sociétés savantes (Society of Thoracic Radiology/American Society of Emergency Radiology COVID-19 Position Statement, 2020. https://thoracicrad.org).

 

Les tests moléculaires

Les tests moléculaires : la RT-PCR (Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction) consiste à extraire des séquences ADN et à les amplifier pour détecter la présence du virus ciblé ; en pratique courante, ces tests portent sur un frottis nasopharyngé. Il est important de bien effectué l’écouvillonage naso-pharyngé; et que le laboratoire est une expertise en biologie moléculaire. Le test sur lavage bronchopulmonaire est plus fiable, mais c’est un examen invasif et qui expose le soignant au risque de contamination ; les tests sur spécimen oropharyngé ou sur les crachats sont moins fiables. De nombreux tests sont en voie de validation.

 

Les tests sérologiques

Les tests sérologiques permettent de savoir si un individu a été en contact avec le virus : la détection des anticorps IgA, IgM et IgG dirigés spécifiquement contre le CoV-2, soit par des tests rapides immuno-chromatographiques, soit par des méthodes classiques immuno-enzymatiques (https://www.centerforhealthsecurity.org/resources/COVID-19/serology/Serology-based-tests-for-COVID-19.html). La séroconversion est rapide, les IgM étant détectables, le plus souvent, dès le début des symptômes et les IgG, 10 à 14 jours plus tard

 

Pathologie

Les descriptions des lésions sont peu nombreuses et ont porté le plus souvent sur des biopsies postmortem (Yao XH et al. Chinese Journal of Pathology, 2020, 49(0):E009 ; Xu et al. . The Lancet respiratory Medicine.8(4):420-422. 2020). Au niveau du poumon, les lésions précoces de COVID19 correspondaient à une inflammation aigue fibrino-exsudative diffuse, avec formation de membranes hyalines, des lésions des cellules alvéolaires (desquamation focale), une hyperplasie des pneumocytes type II, des cellules géantes multi nucléés ; dans les septa interalvéolaires un infiltrat cellulaire mononucléé modéré, des amas de matrice extracellulaire et des remaniements des petits vaisseaux (congestion, thrombi, vascularite) ; ces lésions correspondaient à l’aspect radiologique « en verre dépoli » observé au même moment chez ces patients (Tian et al. Mod Pathol. 2020). Les stades tardifs correspondaient à une consolidation fibreuse intersticielle et intra-alvéolaire avec de multiples thrombi vasculaires ; des cas de nécrose hémorragique massive (Luo et al. 2020) ou de surinfection bactérienne sont rapportés.

Sur ces biopsies posmortem, le foie et le myocarde montraient des lésions minimes et non spécifiques. L’étude de biopsies rénales de 26 patients (Su et al. Kidney International. 2020. In press) montre une atteinte diffuse des cellules épithéliales des tubes proximaux avec perte de leur bordure en brosse, dégénérescence et nécrose, des granules hémosidériques, des cylindres pigmentaires et des thrombi erythrocytaires intravasculairess ; le virus est retrouvé dans les cellules épithéliales des tubules et dans les podocytes glomérulaires.

 

Physiopathologie

La pathogénie du COVID 19 est mal comprise, probablement multifactorielle. Les coronavirus humains ont un tropisme, principalement respiratoire ; le virus pourrait avoir une action cytotoxique directe ; dans les cas sévères, la libération d’une grande quantité de cytokines pro-inflammatoires avec activation excessive des macrophages alvéolaires induirait l’atteinte pulmonaire sévère et la défaillance multiviscérale brutale. La détresse respiratoire aiguë serait la conséquence de l’œdème pulmonaire ; l’intensité de la réaction immune conditionnerait la sévérité des lésions et des symptômes, les lésions sont vraisemblablement aggravées par l’hypoxie systémique induite par l’atteinte pulmonaire et les troubles thrombotiques vasculaires et par les traitements (médications, hyperventilation mécanique) ; des facteurs liés à l’hôte (susceptibilité génétique, âge et sexe, comorbidités) peuvent influer sur le degré de gravité de la maladie.

 

Conclusion

Des avancées rapides ont été enregistrées depuis le début de l’infection. L’agent causal a été identifié, son génome séquencé ; il appartient à la famille des Coronavirus dont certains sont déjà connus chez l’homme. Les études épidémiologiques ont permis de cerner le mode de transmission du virus ; les méthodes de prévention de l’infection ont réussi dans de nombreux pays à restreindre son expansion permettant aux services de santé une prise en charge optimale des cas graves. Le diagnostic peut se faire sur l’anamnèse et une atteinte respiratoire avec de la fièvre ; le scanner thoracique peut montrer des lésions en faveur du COVID19. La connaissance du génome viral a permis de développer les tests diagnostiques spécifiques et sensibles; un prélèvement nasopharyngé permet la réalisation d’une RT-PCR. De nombreux travaux de recherche et des essais cliniques sont en cours pour évaluer les tests diagnostiques, les médicaments et développer un vaccin contre ce virus.

Il reste cependant de nombreuses incertitudes concernant :

  • les modalités d’action du virus la réponse de l’hôte ; la plupart des données concernant le Coniv-19 sont extrapolées à partir des épidémies du MERS, du SARS.
  • on ne sait pas encore si la présence d’anticorps dans le sérum est un gage de leur caractère protecteur, quelle est la durée de l’immunité acquise.
  • Quand peut-on décider du « déconfinement » (% de personnes infectées dans la population) et comment (distanciation, tracing...).

Pour le moment, vu la non-disponibilité de vaccin et de traitement spécifique, la seule issue est de faire barrière à l’infection par l’application des mesures de distanciation sociale et d’hygiène (who.int).

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